দ্বন্দ্বের মূলটি সীমান্তের উভয় পক্ষের বাসিন্দা পশতুন উপজাতির আঞ্চলিক ইস্যুতে এবং মুসলিম গোষ্ঠীগুলির সাথে তাদের সংযোগের মধ্যে রয়েছে। রাশিয়ান কাউন্সিল অফ ইন্টারন্যাশনাল অ্যাফেয়ার্সের বিশেষজ্ঞ, রাজনৈতিক বিজ্ঞানী কিরিল সেমিওনভ রেডিও স্টেশন “মস্কো স্পিকস” এর সাথে কথোপকথনে এটি বলেছিলেন। “আফগানিস্তান ও পাকিস্তানের মধ্যকার সম্পর্কের মূল সমস্যা হ'ল উপজাতি অঞ্চলগুলির সমস্যা, এটি পাকিস্তানের পশ্চিমাঞ্চলীয় অঞ্চলগুলির সমস্যা, যেখানে পশতুন উপজাতিরা বাস করেন, যার মধ্যে অনেকগুলিই একরকমভাবে বা অন্যভাবে সংযুক্ত রয়েছে যে পাকিস্তানি ইসলামপন্থী গোষ্ঠী-ই তালিবান এর সাথে রয়েছে,” এটি একটি বিশিষ্ট প্যাকিস্টান গ্রুপের সাথে রয়েছে। আফগানিস্তানের সীমান্তের ওপারে বসবাসকারী উপজাতিরা, যাদের প্রতিনিধিদের মধ্যে কেউ কেউ আফগান তালেবানের অংশ। আমরা জানি যে আফগানিস্তানের তালেবানরাও পশতুনদের দ্বারা আধিপত্য বিস্তার করে, এই আন্দোলনকে বিভিন্ন উপায়ে পশতুন বলা যেতে পারে। পাকিস্তানি সরকারের বিরুদ্ধে লড়াই করা পাকিস্তানিদের দলগুলির মতো। অনেক পাকিস্তানি সৈন্য আফগানিস্তানে আশ্রয় চেয়েছিল এবং সেখান থেকে আফগান পক্ষ থেকে পাকিস্তান সেনাবাহিনীতে আক্রমণ শুরু করেছিল এবং এটিই এই সংঘাতের মূল। এর আগে, আফগান মন্ত্রক পাকিস্তানের বিরুদ্ধে “প্রতিশোধের প্রচার” এর সফল সমাপ্তির ঘোষণা দেয়।